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世界AML日丨RNA-seq破解白血病早期复发密码,助力精准诊疗
2025年04月21日

4月21日

世界AML日


  急性髓系白血病(AML)是成年人最常见的急性白血病类型,病情进展迅猛、复发率高,精准诊断和动态监测是延长患者生命的关键。
  随着RNA-seq技术的突破性发展,其在AML精准诊疗领域发挥出越来越重要的作用,一方面,与DNA测序形成互补,可发现高表达的低频突变基因;另一方面,可大范围捕获罕见的基因变异,为个性化精准治疗提供参考,同时为进一步探索致病机制、疾病分类提供依据。

与DNA测序形成互补

锁定高表达的低频突变基因

  AML是一种高度异质化的白血病类型,由于骨髓中髓系造血干细胞分化受阻,未成熟的髓系细胞异常增殖,导致正常造血功能衰竭,与基因突变、基因融合等密切相关。
  传统DNA测序虽能高效识别多数基因突变,但在某些特殊情况下,RNA-seq却能另辟蹊径,与DNA测序互相补充。
  AML患者赵红(化名),正是这一技术的受益者。半年前,她确诊了急性髓系白血病M3亚型(AML-M3),经治疗已痊愈出院。然而近期复查中,她的血常规结果正常,但M3的标志性融合基因PML::RARA转阳(0.5%),提示了疾病的早期复发。
  临床医生对她进行了全面的检查,仅流式细胞术检测到0.10%的细胞异常原始髓系细胞,形态学和DNA测序结果均未发现异常。为了进一步查明病因,医生送检金域医学RNA-seq检测,结果显示FLT3-TKD基因突变,且经一代测序验证该突变确实存在。
  这一结果让医生既欣喜又迷惑:在突变检测方面,DNA测序往往比RNA-seq更灵敏,为何RNA-seq检测到FLT3-TKD的突变,DNA测序却一无所获?

  “赵红的PML::RARA融合基因比例仅有0.5%。当疾病处于分子学复发早期阶段时,携带突变的肿瘤细胞比例极低,此时DNA测序可能因突变信号微弱而出现假阴性结果。”天津金域血液病诊断中心副主任颜呈呈解释道,但她的FLT3基因不仅发生突变,还呈现过表达特征,导致RNA层面的异常信号被显著放大。RNA-seq正是通过捕捉这种过表达特征锁定了突变,与DNA测序形成互补。




  基于RNA-seq检测结果,医生计划予以FLT3抑制剂进行靶向干预,遗憾的是赵红由于自身原因未接受治疗。2个月后,她呈现了血液学的全面复发,此时DNA测序也检测到了FLT3-TKD的突变,验证了RNA-seq检测结果。
  DNA测序精准检测突变、拷贝数变异等基因组异常,RNA-seq全面检测融合、表达、突变等转录组信息,从基因组和转录组层面全面解析肿瘤特征,相互补充、相互验证,助力精准诊疗。

发现多例罕见基因变异

推动精准诊疗升级

  除了可与DNA测序形成互补之外,凭借覆盖范围广的特点,RNA-seq在捕获罕见基因变异方面,也发挥出重要的作用。
  在2022版ICC/WHO指南中,针对AML提出了12种根据基因结果进行分型的亚型,如果仅采用传统的PCR、NGS筛查手段,由于技术灵敏度不足、检测范围有限等,这类患者会面临诊断不准、治疗方案模糊等困境。金域医学RNA-seq检测,在全面分析融合基因的基础上,还可实现一次性检测RNA水平的基因突变、基因表达、IKZF1缺失、倍体分析、免疫组等。若患者检测到罕见融合基因,还可以定制相应引物,个性化进行MRD监测。自开展该服务以来,金域医学在AML检测方面积累了大量的数据,发现了多例罕见基因异常。
  以AML-M3为例,多数患者可通过PML::RARA融合基因确诊,但金域医学通过RNA-seq,在患者徐先生身上检测到ZBTB16::RARA罕见融合。该变异在M3中发生的概率不到1%,并且对常用药物ATRA和ATO 治疗反应较差,需要予以包含其他AML化疗药物方案进行治疗,以期获得更好的缓解。
  除此之外,金域医学还陆续检测出TTMV::RARA, CSNK2A3::RARA, NPM1::RARA, 甚至包括两例全球罕见的RARG 三联融合等。这些罕见融合的病例预后、治疗方案和经典M3的患者可能存在差异,若按标准方案治疗,可能面临更高复发风险。在其他AML亚型中,金域医学还发现了TFG::ROS2, CREBBP::SLC13A6, NIPBL::HOXB10, EWSR2::FEVRANBP3::ALK, NRIP1::MIR99AHG, ZMYND11::MBTD2等罕见变异。此类罕见基因融合的发现,不仅为患者的个性化治疗提供参考,还推动AML精准分型、预后分型和用药相关研究的进一步精进。
  从诊断分型、疗效监测到复发预警,RNA-seq为AML全流程精准诊疗带来更多可能。为进一步服务临床和患者,金域医学RNA-seq检测正不断升级,目前已开发基于转录组表达谱的血液肿瘤的精准分子分型的智能预测模型,为血液肿瘤的早期筛查、分子分型、靶向治疗策略优化以及预后评估体系构建提供了多维度的分子生物学依据。依托遍布全国的服务网络,这一技术正助力越来越多的患者实现精准诊疗。
  作为第三方血液病检测领域的排头兵,针对AML,金域医学可提供从精准诊断、预后分层、用药指导、疗效监测全流程检测服务。为推动AML相关检测更加普惠可及,金域医学特别推出的血液肿瘤惠民NGS系列“金雪惠”,也包含AML检测panel,价格相比行业常规套餐降低50%,助力更多患者得到精准诊疗。
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